کتابخانه‌های مساجد نخستین و در عین حال رایج‌ترین کتابخانه‌های عمومی در جهان اسلام بوده‌اند که اغلب به وسیله خود مردم ساخته، سازماندهی، و اداره می‌شدند.بسیاری از این کتابخانه‌ها مجموعه کوچک کتاب‌های مذهبی بودند که در یکی از شبستان‌های مسجد و یا در کنار آن نگهداری می‌شدند و ظاهراً هیچ محل ثابتی برای آنها وجود نداشته است. این کتابخانه‌ها بیشتر در کنار منبر و محراب و در دسترس عموم قرار می‌گرفت. ایجاد کتابخانه در چنین محلی سبب می‌شد که کتابخانه بیشتر در معرض دید، و در نتیجه، قابل دسترس‌تر باشد.

تاریخچه کتابخانه ‌های مساجد
آموختن علم و دانش اندوزی، کتاب و کتابخوانی در شریعت اسلام، به سالهای آغازین رسالت پیامبر(ص) برمی گردد. مسلمانان پس از نزول هر سوره، آن را می نوشتند و به یکدیگر می آموختند. به این صورت، کتاب وحی را بارها استنساخ کردند. این کوشش آن چنان با شوق و علاقه انجام می گرفت که به تدریج، کلمات قرآن وسیله آموزش و خواندن و نوشتن زبان عربی شد. نسخه بردای و نوشتن گسترده کتاب وحی این امکان را فراهم آورد که بسیاری از مسلمانان به داشتن یک نسخه از قرآن یا بیشتر، یا بخشهایی از آن، موسوم به «جزء» یا «حزب» مباهات کنند.اطمینان به حفظ کتاب وحی هنگامی حاصل شد که جوامع اسلامی دریافتند کتاب مقدّس آنها به محلّی دائمی نیاز دارد که مؤمنان همواره آسان و مطمئن به آن دسترسی داشته باشند. مسجد، که بیش از هر نهاد اجتماعی دیگری این نیاز را برآورده می کرد، بی تردید بهترین انتخاب بود. به این ترتیب در اندک زمانی  سراسر  قلمرو اسلامی، مساجد کوچک و بزرگ پر از نسخه های فراوان از تمام یا بخشی از قرآن شدند. علاوه قرآن کریم، صحابه و یاران پیامبراکرم(ص) احادیث و سخنان آن حضرت را نیز می نوشتند و به صورت جزوه و کتاب درمی ‌آوردند.ابن سعد در «طبقات الکبری» نقل می کند: «عبدالله بن عمرو از رسول خدا(ص) اجازه خواست که احادیث و سخنان آن حضرت را بنویسند و پیامبر به او اجازه داد و او مجموعه ‌ای نوشت و آن را «صحیفه صادقه» نامید. از شواهد تاریخی استفاده می شود که همه مساجد دارای کتابخانه نبوده‌اند، امّا تقریباً در همه مساجد جامع، مجموعه‌های کتاب وجود داشته است. برخلاف مساجد معمولی که فراوان و عموماً کوچک بودند و برای آن ساخته می‌شدند که مؤمنان نمازهای روزانه خود را در آن به‌جای آورند.بیشتر مساجد جامع، که به طور عمده در وسط مراکز مهم جمعیتی قرار می ‌گرفت، ابعاد فرهنگی، اجتماعی و سیاسی داشت. بنابراین، می توان ادعا کرد که ایجاد کتابخانه در مساجد جامع، با نقش آنها به عنوان محل اجتماعات همگانی و الهی سازگار بوده است.

 کتابخانه ‌های زیادی در مساجد به وجود آمدند که بدون توجه به اندازه و محل قرا گرفتنشان، «مکتبه» یا «خزانة المصاحف» نامیده می شدند.هرگاه مسجد یا کتابخانه مسجدی تأسیس می شد، مرسوم بود نسخه ‌ هایی از تمام یا یا بخشهایی از قرآن به مسجد یا کتابخانه اهداء می شد.  یکی از محققان اظهار داشته است که اکثر کتابخانه‏های مسجد-  صرف‏نظر از حجم و مکان آنها کتابخانه‏ های قرآنی بودند؛زیرا همزمان با بنای مساجد نسخه‏هایی از قرآن در آن نهاده می‏شد و اهدا و وقف قرآن ها بر آنها از آداب و رسوم اسلامی ریشه‏دار به شمار می ‏آمد.روند اهداء کتاب و احداث کتابخانه آن گاه به صورت جدّی مطرح شد که برخی از عالمان و فقیهان هنگام مرگ، کتابهایشان را وقف مساجد می کردند.«روت استل مورن مکتسن»،  که درباره کتابخانه داری اسلامی و عربی مطالعه فراوانی کرده است می ‌نویسد: «کتابها اهدا می شد و بسیاری از دانشمندان کتابخانه خود را وقف مسجد شهر می کردند تا هم مطمئن باشند که کتابخانه آنها محفوظ می ماند و هم کتابها در دسترس همه دانش آموختگان و افرا د اهل مطالعه که به کتابخانه مراجعه می کنند، قرا می گیرد. کتابهایی که با زحمت فراوان استنساخ و یا به بهای زیاد خریداری می شد ارزش محافظت را داشت. صاحبان این کتابها آنها را وقف مساجد، حرم ‌ها و مدرسه ها می کردند تا از آنها مراقبت شود و در دسترس دانشمندان دوره های بعد قرار گیرد.یاقوت حموی به هنگام مرگ کتابهایش را وقف حرم زیدی (مسجد زید) در خیابان دینار بغداد کرد.از کتابخانه های مهم دنیای اسلام، کتابخانه «مسجدالحرام» است. «این کتابخانه فهرستی داشت که عنوانها و نویسندگان نسخه های خطی موجود در انها را فهرست بندی کرده بود. این فهرست، که تاریخ تألیف آن ذکر نشده است، مشخص می سازد که این کتابخانه از بعضی عنوانها بیست نسخه یا بیشتر داشت.»کتابخانه «مسجدالنبی» کتابهایی داشت که حاکمان و پادشاهان و علمای پروتمند در مراحل گوناگون تاریخی، آنها را وقف کرده بودند. در سال ۵۸۰هجری قمری دو گنجینه بزگ از کتابها و قرآنهای وقفی در آن وجود داشت.از دیگر مساجدی که دارای کتابخانه ‌های مهم بوده ‌اند، می ‌توان مسجد «جامع اموی» و «جامع زیتونیه» دمشق، مسجد «جامع بغداد» و مساجد قاهره، نجف و کربلا را نام برد.یرانیان با تأسیس کتابخانه های مساجد و تشکیل جلسات بحث و گفتگو رونق خاصّی به مساجد و کتابخانه های آن بخشیدند. ایرانیان که خود همواره در کسب علم و دانش زبانزد عام و خاص بوده اند، از دانشمندان دیگر کشورها نیز به گرمی پذیرایی می کردند.
کتابخانه ‌های مسجد جامع اصفهان، مسجد جامع نیشابور، مسجد جامع مرو و بخارا و جوامع سمرقند، از کتابخانه-های قابل توجه بودند.یاقوت حموی درباره کتابخانه مسجد جامع مرو(۶۱۶هـ.ق)، می نویسد: در آنجا ده کتابخانه است که دو کتابخانه در مسجد جامع است که مانند آنها در دنیا ندیده ‌ام. نام یکی از این دو، کتابخانه «عزیزیه» است؛ زیرا آن را شخصی به نام «عزیزالدین ابوبکر عتیق زنجانی وقف کرده است که در آن، نزدیک به دوازده هزار جلد کتاب وجود دارد، و نام کتابخانه دیگر مسجد جامع «کمالیه» است. متأسفانه این گنجینه گران ‌قدر و دیگر کتابخانه های مرو و نیز همه مساجد، مدارس و بناها به وسیله تهاجم ویرانگر مغولان نابود گردید و بدین سان، بسیاری از آثار علمی و تمدن اسلامی شرق، طعمه آتش شد.