نخست دستور داد سال‌شمار خورشیدی فراهم شود تا سال‌شمار قمری کنار گذاشته شود. دوم آنکه دستور داد هزاران بار کتاب شاهنامه‌ی فردوسی خردمند بازنویسی شود تا زبان ایرانیان نجات یابد و سوم برافراشتن دانشگاه‌های نظامیه بود که ریشه و پایه‌ی دانشگاه‌های امروزی است" . در مدارس نظامیه، هر دانشجویی اتاقی خاص خود داشت و مقرری ماهیانه می‌گرفتند و خوراک و خوابگاه نیز بر عهده‌ی دانشگاه بود. خواجه‌ نظام‌الملک، نظامیه‌ی نیشابور را برای ابو‌المعالی جوینی ساخت. کهجوینی به مدت 20 سال در آنجا به تدریس اشتغال داشت و شاگردانی همچون غزالی را تربیت نمود و از بزرگ‌ترین دانشگاه‌هایی که خواجه تأسیس کرد، نظامیه‌ی بغداد بود که در آن زمان بیش از 6000 دانشجو داشت و در طول تاریخ، اساتید برجسته‌ای همچون محمد غزالی، سعدی شیرازی، ابواسحاق شیرازی و غیره در آن به امر تدریس اشتغال داشتند. 

علاوه بر ساختن دانشگاه، خواجه خدمات فراوان دیگری همچون آب انبار، گرمابه، بازار، بیمارستان‌ها را به جهانیان عرضه کرد و قرن پنجم را مبدل به شکوفاترین قرون فرهنگی اسلام ساخت. مجلس خواجه نظام‌الملک مملو از علماء و دانشمندان و فقها بود تا جایی که بسیاری بر او خرده می‌گرفتند که همنشینی با علما، ایشان را از مسائل سیاسی باز داشته است، اما خواجه می‌فرمود: «آن‌ها زیبایی دنیا و آخرت می‌باشند و اگر آن‌ها را بر سرم قرار دهم، باز هم آن‌ها بزرگ‌تر از آن هستند.» وی انسانی بسیار متواضع و فروتن بود. خواجه نظام‌الملک دارای ویژگی‌های خوب زیادی بود. هر گاه صدای اذان را می‌شنید، از هر کاری دست برمی‌داشت و بر نماز اول وقت مواظبت می‌کرد و همواره روزهای دوشنبه و پنجشنبه را روزه می‌گرفت و بسیار صدقه می‌بخشید و انسانی بردبار، شکیبا و باوقار بود. امام ذهبی در سیر اعلام‌النبلاء می‌گوید: «خواجه نظام‌الملک از کسانی بود که خیر و تقوای فراوانی در آن‌ها دیده می‌شد و گرایش خاص به انسان‌های صالح داشت و از پند و اندرزهای‌شان متأثر می‌گشت و اگر کسی عیوب وی را برایش بازگو می‌کرد، از آن شخص قدردانی می‌نمود و وی را گرامی می‌داشت و گریه می‌کرد و اشک از چشمانش سرازیر می‌شد و هیچ‌گاه بدون وضو در مجلس نمی‌نشست و گاهی نبود که وضو بگیرد، مگر اینکه با آن وضو، نماز سنت می‌خواند و هر گاه مؤذن از اذان گفتن غافل می‌گشت، او را یادآور می‌شد. 

حس میهن‌پرستی و جایگاه خواجه نظام در نزد سلطان ملکشاه و مردم برای بعضی‌ها ناخوشایند بود و کسانی نبودند جز باطنیان که معتقد بودند، مفاهیم دینی علاوه بر معانی ظاهری دارای معانی باطنی می‌باشد و هر کس که به معانی باطنی معتقد نباشد، در غل و زنجیر شرع اسیر می‌شود. باطنیان که از مبارزه با خواجه ناتوان شده بودند، تصمیم گرفتند از طریق دیگری وی را از راه بردارند. روز پنجشنبه موافق با دهم رمضان سال 485 هجری قمری خواجه به نزدیکی نهاوند رسیدند. در آنجا سلطان و خواجه و همراهان جهت افطار اطراق کردند و نیازمندان برای رفع نیازهای‌شان به خدمت وی آمدند. زمانی که خواجه از افطار فارغ شد، شخص باطنی در لباس صوفی خود را به خواجه نزدیک کرد و خود را محتاج و نیازمند معرفی کرد.
 
خواجه نظام‌الملک هم از روی مردم دوستی و دلسوزی‌اش باب سخن با وی را گشود که ناگهان دستان پلیدی از آستین باطنیان سر بر‌آورد و با خنجری قلب شیر مرد تاریخ ایران را درید؛ اما پس از فرار، پای قاتل به طناب خیمه‌ای گیر کرد و به زمین افتاد و او را دستگیر کردند. اما خواجه فرمود: قاتل مرا رها کنید زیرا من او را بخشیدم. ملکشاه پادشاه ایران پس از شنیدن خبر بر بالین خواجه حاضر گشت ... اما خواجه در آخرین لحظات عمر بود و خیلی زود روح از تنش پر کشید. هنگامی که خبر وفات خواجه منتشر شد، حزن و اندوه سراسر ایران را فرا گرفت و غم و عزاداری مردم، ماه‌ها به طول انجامید

نویسنده:هاشمی زاده